Pada
20 Juli 1998 PKS berdiri dengan nama awal Partai Keadilan (disingkat
PK) dalam sebuah konferensi pers di Aula Masjid Al-Azhar, Kebayoran
Baru, Jakarta. Presiden (ketua) partai ini adalah Nurmahmudi Isma'il.
Pada 20 Oktober 1999 PK menerima tawaran kursi
kementerian Kehutanan dan Perkebunan (Hutbun) dalam kabinet pemerintahan
KH Abdurrahman Wahid, dan menunjuk Nurmahmudi Isma'il (saat itu
presiden partai) sebagai calon menteri. Nurmahmudi kemudian mengundurkan
diri sebagai presiden partai dan digantikan oleh Hidayat Nur Wahid yang
terpilih pada 21 Mei 2000. Pada 3 Agustus 2000 Delapan partai Islam
(PPP, PBB, PK, Masyumi, PKU, PNU, PUI, PSII 1905) menggelar acara
sarasehan dan silaturahmi partai-partai Islam di Masjid Al-Azhar dan
meminta Piagam Jakarta masuk dalam Amandemen UUD 1945.
Akibat UU Pemilu Nomor 3 Tahun 1999 tentang
syarat berlakunya batas minimum keikut sertaan parpol pada pemilu
selanjutnya (electoral threshold) dua persen, maka PK harus merubah
namanya untuk dapat ikut kembali di Pemilu berikutnya. Pada 2 Juli 2003,
Partai Keadilan Sejahtera (PK Sejahtera) menyelesaikan seluruh proses
verifikasi Departemen Kehakiman dan HAM (Depkehham) di tingkat Dewan
Pimpinan Wilayah (setingkat Propinsi) dan Dewan Pimpinan Daerah
(setingkat Kabupaten/Kota). Sehari kemudian, PK bergabung dengan PKS dan
dengan penggabungan ini, seluruh hak milik PK menjadi milik PKS,
termasuk anggota dewan dan para kadernya. Dengan penggabungan ini maka
PK (Partai Keadilan) resmi berubah nama menjadi PKS (Partai Keadilan
Sejahtera).
Setelah Pemilu 2004, Hidayat Nur Wahid (Presiden
PKS yang sedang menjabat) kemudian terpilih sebagai ketua MPR masa bakti
2004-2009 dan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden PK
Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro I PKS pada 26 - 29 Mei 2005 di
Jakarta, Tifatul Sembiringterpilih menjadi Presiden PK Sejahtera periode
2005-2010. Seperti Nurmahmudi Isma'il dan Hidayat Nur Wahid disaat
Tifatul Sembiring dipercaya oleh Susilo Bambang Yudhoyono Presiden
Indonesia ke 6 sebagai Menteri Komunikasi dan Informatika. Maka estafet
kepemimpinan pun berpindah ke Luthfi Hasan Ishaq sebagai pjs Presiden PK
Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro PKS II pada 16 - 20 Juni 2010 di
Jakarta, Luthfi Hasan Ishaq terpilih menjadi Presiden PK Sejahtera
periode 2010-2015.
